南京證券創建于1990年12月，由中國人民銀行南京分行發起設立，與新中國資本市場“同齡”。1995年，南京證券劃歸南京市人民政府管理。2012年，南京證券完成股份制改造，變更為股份有限公司。2015年10月，南京證券成功掛牌全國股轉系統。2018年6月13日，南京證券（股票代碼：601990）成功在上海證券交易所主板上市。